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重点实验室与国际生命科学学会联合举办全基因组测序与大健康研讨会

 日期:2016年11月22日  人气指数:184

20161112日,由国际生命科学学会中国办事处与卫生部食品安全风险评估重点实验室联合主办,达能中国协办,深圳华大基因研究院提供技术支持的全基因组测序与大健康 (WGS and One Health)研讨会在广西大厦召开。与会人员主要来自食品安全监督部门、评估部门、食品企业、还有华大基因。重点实验室主任、国家食品安全风险评估中心(下称评估中心)技术总师吴永宁教授主持并发表了开幕致辞,重点实验室学术委员会主任、国际生命科学学会中国办事处主任陈君石院士致闭幕辞。

会议演讲分测序技术、医学应用和食品应用3个专场,分别由中外嘉宾演讲对话形式展开:

测序技术专场中,首先由美国Complete Genomics公司首席运营官张永卫博士发言,介绍了三代测序技术的发展。华大基因深圳研究院的朱师达副院长介绍了新一代测序技术价格下降的趋势,并强调了在测序服务即将普及的今天,测序后数据的处理将越来越重要。以个体化医疗、生殖缺陷筛查和肿瘤基因检测为例,介绍了新一代测序技术在这些领域中的应用,也指出了华大基因在中国的领军位置。

医学应用专场,首先由中国疾病预防控制中心副主任、中国科学院高福院士介绍了新一代测序技术在医学领域的研究中的应用。他表示在我国一带一路的国际战略下,公共卫生先行,而全基因组测序技术作为最前沿的技术用于大健康中。埃博拉、流感、冠状病毒、寨卡病毒等病毒跨物种传播,特别是H7N9流感病毒跨宿主研究的最新进展中,新一代测序技术研究实例。通过全基因组测序发现,几个DNA核苷酸序列的改变,导致了病毒表面蛋白受体结合位置几个氨基酸的改变,最终造成了病毒从感染禽类到感染人类的宿主迁移。评估中心523高端人才微生物团队外聘负责人、爱尔兰都柏林大学的Seamus Fanning教授介绍了全基因组测序技术在人畜共患病病原微生物肺炎克雷伯氏菌抗药性研究中的应用。通过全基因组测序,研究发现其大规模抗药性的元凶是Efflux泵的变异。

食品专场,评估中心微生物实验室主任李凤琴研究员介绍了基因组测序在食品安全中的应用,例如发现新病原,构建菌株间系统发育树,快速判断亲缘关系,短时间内完成病原溯源。她接着介绍了国际上一些运用全基因组测序进行食品安全事件溯源的实例,如2011年德国大肠艾希氏菌O104:H4快速准确的溯源和鉴定,2014年美国单增李斯特菌污染豆芽和豆制品事件的病原菌溯源,以及丹麦2015年对散发单增李斯特菌病进行相关性确认,从而防止更多病例的发生。特别是重点实验室对印第安纳沙门氏菌抗氟喹诺酮抗药性的研究。她最后也提到WHOFAO等国际组织也非常关注并多次开会讨论全基因组测序。来自新加坡南洋理工大学的Joergen Schlundt教授(WHO食品安全与人兽共患病司原司长)介绍了全球微生物识别数据库(GMI )。PFGE主要运用于沙门氏菌的分型、但比较粗糙,WGS不仅仅可以分型,还能够找出每个菌株的单核苷酸多样性SNP。他介绍了全世界现有的三个开源的数据库,美国NCBI欧洲EBI以及日本的DDBJ,并呼吁发展中国家要齐头并进。

最后,吴永宁教授对新一代测序技术未来的发展做出了展望。WGS已经不是一个未来的技术,已经被广泛利用了,必须从现在开始部署。评估中心的目标是具有较高的国际影响力和科学公信力,也在着手建成一个有着分级权限的数据平台。为了实现十三五纲要中所提到的大健康,需要大家一起努力。陈君石院士在大会闭幕总结中指出,对于全基因组测序这个新兴的技术,我们需要深入的思考。中国的TraceNet是基于PFGE的网络,起步并不是很久,不应该和WGS实行双轨制。我们需要加快速度建立WGS的数据库,要用WGS的数据和原有的PFGE分型作比较,用中国的数据来说明WGS优于PFGE。当然在WGS网络还没有完全建立的时候,也不能放弃原有的PFGE。做为大健康概念的一部分,食品、临床和动物的数据需要进一步整合,需要建成统一的全国的监控的网络,而这个网络最不可或缺的就是一个统一的中国数据库。希望大家能够利用会议的成果,推动全基因组测序技术在大健康上的应用。


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